g_ryurikov: (Default)
Часто спрашиваю у своих учеников: «Как вы отличаете "понимаю" от "кажется, что понимаю"?». Сморят на меня стеклянными глазами. Не только необходимость, но даже сама возможность постановки такого вопроса у большинства не укладывается в голове. Вместо этого у некоторых во взгляде отчётливо читается «Зачем, ты, дядя, задаёшь вопросы, которых не будет на экзамене?».
g_ryurikov: (Default)
не очень понятно, что Вы имеете ввиду под:
>ДНК не содержит буквально всю информацию об организме (это просто теоретически невозможно)
Если там не вся информация, то сколько из скольки?


Спасибо, я, честно говоря, ждал этого вопроса. Но не уверен, что это войдёт в основной текст, поэтому, наверно, сейчас вынесу это в отдельный пост.

Что в ДНК не вся информация, по идее ясно уже из того факта, что выделенная в чистом виде ДНК сама по себе не порождает организм. Как обычно пишут в таких случаях — нужен «компетентный читатель». Компетентный — значит, обладающий нужной информацией. Которой нет в самом читаемом им «тексте».

Я понимаю информацию об объекте как всю совокупность характеристик, свойств и качеств объекта. Передача информации от одного объекта к другому — это когда свойства одного влияют на свойства другого. Таким образом, в самом общем виде, передача информации — это примерно то же самое, что и причинность. Скажем, если событие А1 определяет событие В1, а событие А2 определяет событие В2, то «тип события А» содержит информацию о «типе события В». Таким образом, получается, что информацию о фенотипе надо искать во всей совокупности факторов, влияющих на фенотип (иными словами, определяющих ход развития).

Если говорить именно о наследственной информации, то необходимо иметь в виду, что по наследству никогда не передаётся «чистая ДНК». Всегда передаётся нечто большее. Как минимум речь идёт о зиготе, и очевидно, что содержащаяся в ней ДНК — далеко не единственный фактор, определяющий её дальнейшее развитие. Тип дробления, некоторые характерные особенности бластуляции и гаструляции — на всё это влияют тупо такие вещи, как форма яйцеклетки и распределение желтка. Если попытаться их искусственно изменить, нормального развития может не получиться. Это, впрочем, кажется очевидным, но ведь это именно означает, что эти особенности яйцеклетки и содержат информацию о последующих стадиях.

На это любят напирать адепты ЭТЭ, например:

Генотип как вся наследственная информация организма не может быть локализован в первичных структурах нуклеиновых кислот, он является аспектом фенотипа, а не его частью, и в этом смысле не представляет собой самостоятельной сущности.
...
Генотип как материальный носитель всей наследственной информации тождественно совпадает с фенотипом, поскольку: а) в отсутствие компетентного получателя (читателя) бессмысленно говорить об определённом содержании информации; б) преемственность (в том числе и между поколениями) обеспечивает в конечном счёте вся структура организма целиком.
(Раутиан А. С. О природе генотипа и наследственности. ЖОБ, 1993, Т. 54, №2. С. 131-148).

Программа нормального формообразования заключена в общей организации зародыша, а не в единицах хромосомного аппарата.
(Шишкин М. А. Индивидуальное развитие и уроки эволюционизма. Онтогенез, 2006, т. 37, №3. С. 179-198).


Это всё имеет большое внешнее сходство с лысенковщиной:

Наследственностью обладают не только хромосомы, но живое тело вообще, любая его частичка. Поэтому будет неправильным, исходя из того, что хромосомы обладают свойством наследственности, считать их в организме и в клетке особым наследственным веществом или органом наследственности.
(Лысенко Т. Д., «Генетика» — статья в БСЭ).

Академик Т. Д. Лысенко учит, что материальным носителем наследственности является всё то, что есть живого в каждой клетке. Любая частица живого тела, способная питаться, расти и размножаться, т. е. обладающая основными признаками живого, обладает свойством наследственности. Изменение наследственности живого организма является следствием изменений самого развивающегося тела организма, а не следствием изменения особого вещества наследственности.
(Беленький Н. Г., речь на сессии ВАСХНИЛ 1948).


Существенная разница, однако, в том, что Лысенко и его сторонники отрицали существование специального «вещества наследственности» вообще, а Шишкин и Раутиан этого, разумеется, не делают. ДНК действительно является особым, специально выделенным субстратом наследственной информации, где информация о фенотипе не просто содержится, но закодирована с помощью легко формализуемого кода. Там есть семантика — в отличие от передачи информации как просто причинности, в ДНК чётко отделена информация о первичной структуре белков от информации о правилах чтения («шифровка» и «ключ» — это разные документы). «Цифровую» информацию ДНК (которая в форме последовательности нуклеотидов) легко измерить и выразить в байтах.

Но полную информацию о фенотипе измерить гораздо сложнее. Во-первых, признаки фенотипа, даже наследуемые, зависят не только от ДНК, а от других «внутренних» факторов. Во-вторых, если «наследуемые» определить как «устойчиво воспроизводимые», окажется, что воспроизводимость многих из них обусловлена воспроизводимостью среды. В каком-то смысле среда ведь тоже наследуется — организм оказывается в той же атмосфере, или с примерно теми же концентрациями веществ вокруг, в конце концов, гравитация та же самая, много чего. Если вместо «ожидаемой» среды подсунуть другую — нормального развития не получится. Таким образом, среда в каком-то смысле тоже содержит информацию о наследуемых признаках фенотипа.

А вот посчитать, какая доля информации где содержится, — у меня нет идей как. Фенотип-то аналоговый. «Цифровать» его на признаки с конечным числом состояний, что обычно делается при описании фенотипа, можно, но мы никогда не перечислим всё. Проблема в том, что измерять информацию мы можем только при условии, что мы «договорились» о числе возможных вариантов, из которых мы выбираем. К примеру, сколько информации содержит число 11010001? Один байт? А вот и нет. Всё зависит от того, какой системой счисления мы пользуемся. Если «разрешены» только нолики и единички, то да, один байт. А если я могу использовать цифры от нуля до девятки, то информации гораздо больше. А если на месте цифр имеют право быть, скажем, яблоки или апельсины, то ещё больше.

Таким образом, получается, что информация о фенотипе — это выбор из вариантов «каким мог бы быть фенотип», но возможность определить число этих вариантов ограничивается только лишь нашей фантазией. Скажем, что организм состоит из атомов — это признак фенотипа? А где он записан? Если по признаку нет изменчивости — мы обычно не считаем его признаком. На то он и признак, чтобы на его основании организм можно было признать, то есть отличить от других. Но понятно, что набор признаков, по которым есть изменчивость, — он довольно произволен, он мог бы быть иным, если бы эволюция пошла немного по-другому. Поэтому и посчитать всю информацию не получается.

Я так это понимаю.
g_ryurikov: (Default)
В рамках российской культуры Монголия – на востоке, но в рамках монгольской Россия – на севере.
g_ryurikov: (Default)

Понял одну важную вещь про эту самую популяризацию.

В последнее время часто стали появляться мнения (и довольно обоснованные), что, мол, вся эта движуха имеет довольно серьёзные отрицательные стороны. Если кратко – основной тезис в том, что она «не заменяет образования», а «просвещаемые» после сеанса просвещения часто мнят себя доками в темах, которые на самом деле намного сложнее, чем они думают.

И на «просветителей» обрушивается критика: «это же у вас бред написан!» – они возражают: «ну почему сразу бред, это просто упрощение, без этого нельзя ж» – а им: «но ведь ваши читатели подумают, что всё так и есть!» – а они: «да ну...».

Правда ведь в том, что самые что ни на есть академические учёные тоже то и дело друг другу тыкают «это же у вас бред написан!», это обычная и нормальная сторона научной деятельности. И проблема, по-моему, не в недостаточной компетенции популяризаторов. У кого-то она выше, у кого-то ниже, даже самые лучшие профессионалы в своей области могут в чём-то ошибиться, как говорится, и на старуху бывает проруха. Популяризаторы по сути делают то же, что и вся наука – занимаются упрощениями реальности.

Но проблема в том, что в данном случае приходится иметь дело с аудиторией, у которой нет привычки воспринимать информацию критически. И которая верит, что если человек симпатичный, то истина – это то, что он говорит или пишет. И не понимает, что в науке истина – это не то, что кто-то говорит, а то, что проходит проверки на истинность. Когда популяризатор развенчивает какие-нибудь лженаучные мифы, он говорит: «ну посмотрите, ведь получается, что это не так». И главное-то в его словах – «ну посмотрите, ведь получается...», а аудитория, наоборот, слышит только «...это не так».

А, на мой взгляд, главное, что может дать популяризация науки – дать возможность людям совершить открытие, что можно «посмотреть» и что что-то «получается», вместо того, чтобы просто верить вот этому дяденьке в чёрной рясе или вон тому в свитере с ромбиками...

...

Nov. 7th, 2016 07:14 pm
g_ryurikov: (Default)
Почему-то я никогда не встречался с таким мнением, но наверняка же кому-то это приходило в голову. Ведь правда же, теория струн имеет замечательно много общего с буддийской онтологией? С этим их учением о том, что являющийся нам мир есть результат колебания пучков дхарм, которые суть элементарные единицы истинной реальности...
g_ryurikov: (Default)
Задумался – что, собственно представляет собой современная музыка? В двадцатом веке всё время были какие-то имена, обладатели которых были «властителями умов». Речь, конечно, о молодёжи. Само вот это понятие – молодёжная субкультура, оно обязательно предполагало «исповедание» какого-то музыкального стиля. Во времена моей молодости при знакомстве обычным, например, был вопрос «что слушаешь»? Это было как партийная принадлежность. И основных вариантов ответа было, кстати, не так уж много – они были у всех на слуху. Задают ли этот вопрос сейчас? И есть ли на него какие-то общепонятные хотя бы в рамках соответствующего поколения ответы? Можно ли назвать группы и исполнителей, которые являются по-настоящему знаковыми для нашего времени? Скажем, если не масштаба Элвиса или Beatles, то хотя бы Sex Pistols, Nirvana или Depeсhe Mode? Я посмотрел несколько первых строчек актуального хит-парада, – ну понятно, что я всего этого не знаю, но если я возьму выборку случайных старшеклассников, признают ли они всех этих исполнителей? Если да, то всё понятно, но если нет, то – почему так?
g_ryurikov: (Default)



Как хорошо известно, Янус Полуэктович Невструев ежедневно ровно в полночь совершал скачок во времени ровно на сутки назад (точнее, на двое, учитывая прошедшие). Однажды я задался вопросом: он каждый раз делал это произвольным усилием, посмотрев на часы, или был какой-то автоматический механизм, срабатывавший ровно в полночь? И если второе, то как этот механизм получал информацию о времени?

Мы понимаем, что «реальное» время суток зависит от географической долготы. Если в какой-то момент Солнце находится «над Японией», то у них уже день, а у нас ещё нет. Это, строго говоря, означает, что любое перемещение на восток или запад приводит к изменению астрономического времени. Если я сделаю хотя бы несколько шагов на восток, я окажусь в зоне, где восход Солнца в тот же день совершается на какие-то доли секунды раньше. Понятное дело, что «принятое», официальное время – то, которое показывают наши часы, – должно отличаться от астрономического, иначе оно было бы просто разное у всех людей. Есть часовые пояса, которые решают эту проблему, делая скачки во времени дискретными. Так же и дискретная контрамоция Януса Полуэктовича давала ему возможность худо-бедно участвовать в общественной жизни. Но совершался ли его прыжок во времени в астрономическую полночь или в «официальную»? И если второе, то учитывался ли, скажем, переход на летнее время, и если да, то каким образом? Или что, например, происходило с этим механизмом, если Янус Полуэктович ехал в командировку, связанную с пересечением границ часовых поясов? И самый интересный вопрос: что произошло бы с ним на Северном или Южном полюсе?

Впрочем, у нас есть и более насущные вопросы. Способы привязки официального времени к астрономическому вызывают массу нареканий: кому-то рано вставать, кому-то слишком рано темнеет, кому-то что-то ещё... Любые «законодательные» переводы стрелок порождают бурю критики, куда бы и насколько бы ни сдвигалось при этом время.
Читать дальше )

...

Jun. 1st, 2016 09:08 am
g_ryurikov: (Default)
Все так обсуждают эксперимент Сёрла, как будто он на самом деле возможен. Мне так кажется, что у Сёрла примерно столько же шансов в своей комнате реально имитировать китайский язык, сколько у черепахи убежать от Ахиллеса.
g_ryurikov: (Default)

Итак, аббревиатура «ГМО» не обозначает категорию объектов, обладающих общими определёнными, выявляемыми характеристиками. Это универсалия особого рода – своего рода сверхуниверсалия. Здесь речь не идёт не только о конкретном объекте, но и о конкретных свойствах. Впрочем, это не мешает нам такими сверуниверсалиями пользоваться. «Сделанный вручную» – совсем не обязательно что-то говорит о качестве. «Проходивший по списку №2» – тоже об объектах этого списка может ничего не говорить.

Как говорит нам теория информации, информация может забываться. Это, в частности, означает, что история объекта не обязательно отражается в нём. Но может и отражаться, и это очень важно. Именно поэтому в принципе возможно использование исторического критерия для характеристики объекта. И это нормально. Есть даже специальная часть речи, которая это использует – причастие (и примкнувшее к нему отглагольное прилагательное). «Строганая доска» – это информация о том, какова доска сейчас, но через описание того, что с ней делали. Маринованные огурцы, литые диски, штопаные носки, жареные пирожки – это всё об этом. Это настолько привычно, что, похоже, что наш мозг по умолчанию считает историю объекта имеющей значение. Тут и начинается интересное.
Читать дальше )
g_ryurikov: (Default)

Меня однажды спросили, можно ли сделать прибор, который сможет отличать ГМО от не-ГМО. Я ответил, что нет, – если ставится задача выявлять любой продукт, содержащий ГМО, про который заранее вообще ничего не известно, то это невозможно. На лице моего собеседника отразился испуг: опасно оно или нет, такая «конспиративность» настораживает сама по себе. А как же возможность выбора, мы должны знать, что мы едим, и всё такое... И мне, кажется, тогда так и не удалось объяснить ему, что это не плохие новости, а скорее хорошие.

Про ГМО говорят и пишут довольно много. И глупостей много, и комментариев от грамотных и умных людей тоже уже не так уж мало. Не буду здесь называть этих людей поимённо, но я очень благодарен им за их работу; меня очень радует, что есть фронт борьбы с невежеством, и многое сделано, чтобы дать возможность разобраться в этой теме хотя бы людям, которые действительно честно хотят разобраться. О том, что такое генная инженерия, и как это работает, о том, какие на данный момент имеются генномодифицированные сорта, и чего можно было бы добиться, но пока не получается. В конце концов, о том, что такое гены, и почему их нет в «модифицированном крахмале». Накопился довольно большой объём комментариев к публикациям, в которых делались попытки экспериментально показать вред ГМО, в частности, нашумевшей статье Сералини...

О совсем очевидных вещах не пишут, разумеется. Никому не придёт в голову объяснять, что если нечто действует благодаря какой-то своей особенности, то эта особенность у него должна быть.
Читать дальше )
g_ryurikov: (Default)
Из монгольских наблюдений: "Когда идёт стадо баранов, впереди и сзади всегда козлы".

g_ryurikov: (Default)



[1], [2], [3].

Время от времени вспыхивают дискуссии на занимательную тему – являются ли вирусы «живыми». ... Неудачным последствием отрицания статуса «живых» за вирусами будет то, что тогда вирусы не будут иметь очевидного отношения к эволюции клеточных форм жизни. В этой и следующей главах мы увидим, что это противоречило бы действительности”. (с. 335).

Кунин не уклоняется от холивара «вирусы живые или нет» и чётко обозначает свою позицию: он в числе тех, кто считает, что вирусы живые. И что они могут быть включены в общую классификацию форм жизни: “С этой точки зрения наибольший смысл имеет разделение всех известных форм жизни на две «империи»: вирусов и клеточных форм (Koonin, 2010d). Эти две империи сильно отличаются друг от друга, но постоянно обмениваются генами”. (с. 461).

Такой подход, прежде всего, требует определения «форм жизни», и Кунин не уклоняется и от этого: “...любой стабильный во времени репликатор является формой жизни”. (c. 395). Определение это будет понятным, только если разъяснить, что здесь понимать под «стабильностью во времени». Есть и про это: “Во-первых, рассматривая три сценария происхождения вирусов, мы говорим о вирусах (или вирусных геномах) как о «независимо эволюционирующих генетических элементах». Много, и, в некоторых вирусах, возможно, большинство, вирусных генов может быть клеточного происхождения (см. рис. 10-2), но вирусы как (квази)автономные сущности, по-видимому, не имеют клеточных корней”. (с. 358). Что значит «не имеют клеточных корней» (если учесть, что всякая вирусная частица собрана так или иначе в клетке), мне не совсем понятно. Тут ещё хочу вспомнить, что термин «репликатор» использовал Докинз, и, если понимать этот термин хоть сколько-то близко к тому, что имел в виду он, то окажется, что это даже не отдельный ген, а что-то ещё меньшее. Неужели это и есть по Кунину «формы жизни»? Непохоже, чтобы так: “Все существующие формы жизни размножаются как клетки или внутри клеток”. (с. 390). То есть понятие «формы жизни» применяется к системам разных уровней, что, на мой взгляд, как-то не комильфо.

Впрочем, как выглядит по Кунину определение того, что такое вирусы? Вот оно: “Здесь мы определим вирусы следующим, очень общим образом: «облигатные внутриклеточные паразиты или симбионты, обладающие собственными геномами, кодирующими информацию, необходимую для вирусной репродукции (отсюда некоторая степень автономии от генетических систем хозяина), но не кодирующими всю систему трансляции и мембранного аппарата». Это определение подойдет ко всякому «по-настоящему» эгоистичному генетическому элементу. Ключевая фраза тут «кодирующие информацию, необходимую для вирусной репродукции, а, следовательно, обладающие некоторой степенью автономии от генетических систем хозяина». Таким образом, обычные гены и опероны под это определение не подойдут, даже если обладают некоторыми эгоистическими чертами, потому что не кодируют никаких специальных приспособлений для самовоспроизведения. Таким образом, это определение охватывает все обширное множество биологических объектов, кодирующих «нечто», необходимое для самовоспроизведения, но не систему трансляции и мембраны”. (с. 334).

Это для меня, что называется, «всё чудесатее и чудесатее». «Обычные гены» под это определение не подойдут, но под него не подойдут и обычные вирусные гены, если брать их по отдельности. Если же мы говорим о неких совокупностях, то «обычные гены», разумеется, кодируют «специальное приспособление для самовоспроизведения» – оно называется «организм». С другой стороны, всякий ген, участвующий в естественном отборе, кодирует «нечто», необходимое для самовоспроизведения, но не всю систему в целом.
g_ryurikov: (Default)



Продолжаем разговор. [1], [2].

Некоторое недоумение у меня вызвали рассуждения об эволюции сложности и связанных с ней вещах. Во-первых, критика идеи о том, что «сложное = приспособленное»:

Один из ответов, казалось бы, самоочевидный и принимавшийся биологами и всеми интересующимися эволюцией, состоит в том, что более сложные организмы являются также более приспособленными. Эта точка зрения, несомненно, ошибочна”. (с. 463). А кто-то сейчас всерьёз придерживается такой точки зрения? Утверждение её ошибочности, ну, мягко говоря, не выглядит новаторским.

Идея «прогресса» может считаться полностью дискредитированной в узком, антропоморфном смысле слова, но увеличение сложности по-прежнему широко воспринимается как особенность «развитых» форм жизни и основная эволюционная тенденция. Противоположная точка зрения, представленная, вероятно наиболее ярко, Гулдом в нескольких книгах, ассоциирует эволюционный успех группы исключительно с ее распространенностью в биосфере и способностью процветать в различных нишах” (с. 288). Это всё здорово, но я могу назвать работу, которой, кажется, скоро будет сто лет, где эта концепция излагается. Гулд тогда ещё не родился. Причём в нашей стране эта концепция излагается даже в школьных учебниках.

И о соотношении сложности и «энтропийности»:

Действительно, хотя геномы многоклеточных эукариот могут быть более сложными, чем у прокариот и даже одноклеточных эукариот, но в то же время эти сложные геномы чудовищно неупорядоченны и заполнены мобильными элементами и прочим мусором; они представляют собой состояния высокой энтропии, как подчеркивается оценками в этой главе. Концептуальный взгляд на этот парадокс сравнительной геномики привел к неадаптивной теории эволюции генома...
...
Как это ни парадоксально, увеличение энтропии генома, являющееся необходимым условием для последующего усложнения...
” (с. 286).

Я один не усматриваю здесь никакого парадокса? Например, у меня на жёстком диске довольно много «неупорядоченных элементов и просто мусора», гораздо больше, чем было, когда я только начинал пользоваться компьютером и система каталогов и подкаталогов для хранения информации у меня была гораздо проще, чем сейчас. Мне кажется, что таких элементов неизбежно будет много в любой по-настоящему сложной реальной системе. Мегаполис сложнее, чем такая же по площади местность, покрытая ровным слоем бетона. Где больше мусора?

По-моему, «энтропийность» и сложность совсем не противоречат друг другу; хотя бы потому, что, очевидно, «энтропийность» не тождественна простоте.

Идея

Feb. 10th, 2016 09:50 am
g_ryurikov: (Default)
Наконец-то придумал пример, объясняющий разницу между понятиями "автотрофы" и "продуценты". Это пара "пол" и "гендер". К сожалению, большинство моих учеников это не поймёт. Может, ещё что-то похожее есть?
g_ryurikov: (Default)



Разговор об эволюции генов начинается с того же самого утверждения, что и разговор об эволюции видов – виды происходят от других видов, а гены происходят от других генов. «Деревья» генов строятся на тех же (в общих чертах) основаниях, что и «деревья» видов; и важный, но, возможно, несколько неутешительный вывод заключается в том, что они плохо соответствуют друг другу (я писал об этом в прошлом посте).

В отличие от видов, которые просто дивергируют, гены могут расходиться разными способами – следовать за размножением организмов (ортологи), уходить в другую аллельную группу (паралоги) и передаваться другим организмам (ксенологи). Эти варианты трактуются как разновидности гомологии, что само по себе уже порождает затруднение. Понятие гомологии в данном случае явно не аналогично ни одному из многочисленных определений гомологии для морфологических структур. Дерево описывает степень родства, и мы говорим, например, что леопард и тигр более родственны между собой, чем с медведем, но мы не говорим, что они «гомологичны».

В этой связи проблематичным становится определение «возраста генов», которым пользуется Кунин. Если мы имеем дерево генов, то никакого «рождения генов» на нём не происходит (считать таковым каждую точку дивергенции невозможно, так как это каждая репликация). Кунин даёт такое определение: “«Эволюционный возраст» соответствует самому старому таксономическому узлу, в котором могут быть определены гомологи для белка, производимого данным геном.” (с. 74). «Могут быть определены» – не слишком ли субъективное определение возраста, ведь оно фактически завязано на ограничения метода, которым мы пользуемся?

Читаем далее: “Один из выводов состоит в том, что характерная продолжительность жизни животного гена в этих линиях охватывает по меньшей мере сотни миллионов лет.” (с. 86). Откуда же ген берётся и куда он девается потом? И сразу парадоксальный ответ на этот вопрос: “Несмотря на частую потерю в отдельных эволюционных линиях, гены характеризуются чрезвычайной долговечностью, и многие из них, возможно, бессмертны.” (там же). Итак, ген может «потеряться» (видимо, это и есть «смерть гена»), но он должен «потеряться» со всеми своими гомологами. Я могу представить себе вымирание семейства или отряда, но вымирание «всех родственников» – непонятно что, так как не определена степень родства. Может быть, нужна иерархическая таксономия для генов вместо субъективного различения «гомологи / не гомологи»?
g_ryurikov: (Default)



Хотел написать серьёзный текст про книгу Кунина, но, видимо, мне это не по зубам. Ограничусь отдельными соображениями. Соображение первое. Кунин много пишет о «падении филогенетического древа».

«Таким образом, идеальное ДЖ оказалось химерой, поскольку широко распространенный ГПГ приводит к тому, что древо любого отдельного гена не является точным отображением эволюции целых геномов. Осознание того, что ГПГ среди прокариот является доминирующей формой эволюции, а не редким процессом, привело к идее «выкорчевывания» ДЖ» (с. 176).

Под «древом жизни» понимается древо предков и потомков. Читаем на с. 174: «Концепция древа жизни (ДЖ) в ее современном значении была впервые представлена Дарвином в его записных книжках еще в 1838 году. ... Тем не менее именно Дарвину принадлежит плодотворная идея о том, что различные виды связаны между собой древом, причем листья соответствуют существующим в настоящее время видам, а внутренние вершины – вымершим, предковым формам». Итак, речь идёт именно о предках и потомках, а не просто о «донорах генов».

По-моему, даже при очень большой горизонтальной компоненте, «путающей карты», говорить об отсутствии «древовидной компоненты» нельзя. Так как «вертикально» всегда что-то передаётся, это и есть «древовидная компонента». И если методы, которыми работает Кунин, не позволяют её с достаточной уверенностью выделить, то это не означает, что её нет. Она объективно есть.

Проблема тут, на мой взгляд, исключительно в нетождественности «деревьев генов» и «деревьев организмов». Если нас интересует эволюция генов, то сама постановка вопроса о «падении филогенетического древа» оказывается ложной, так как у генов есть единственный способ передачи наследственной информации – репликация. Различие между ортологами, паралогами, и ксенологами появляется лишь тогда, когда мы начинаем говорить об организмах.

Если же нас интересует эволюция организмов, то дерево здесь традиционно описывает происхождение организмов, – то есть вертикальную компоненту. «Я произошёл от...» подразумевает цепочку поколений, появляющихся путём размножения организмов. В этом смысле я произошёл от своего прадедушки (и получил от него какие-то гены), я произошёл от своего очень далёкого пра-пра…прадедушки (хотя, возможно, не унаследовал от него ни единого нуклеотида), но я не произошёл от случайного прохожего (от которого мне, возможно, достались некоторые вирусные последовательности).

Всё это указывает скорее не на «падение филогенетического древа», а на то, что метод анализа геномов просто-напросто не подходит для изучения филогении на уровне организмов или выше (точнее, конечно, не «не подходит», а имеет существенные ограничения). Древовидная компонента в филогении существует просто по определению, – но гены действительно далеко не всегда передаются в соответствии с ней.
g_ryurikov: (Default)
Математика – это естественная наука или нет? Говорят, что нет, – дескать, у неё объект «нематериальный» и это роднит её с науками гуманитарными. На мой же взгляд, такая классификация по объекту порочна по самой своей сути. Согласно такой логике, при желании можно сказать, что и физика – не естественная наука. Ведь понятия «сила» или «энергия» нематериальные. А если считать их материальными на том основании, что их-де «можно измерить», то число – основной объект математики – тоже попадёт в эту категорию.

Берём, например, вполне материальные яблоки. Знание о том, что если взять два яблока и ещё два яблока, то получится четыре яблока – это математика. О том, что в вакууме яблоки, независимо от массы, падают с одинаковой скоростью – это физика. О том, что если погасить кислым яблочным соком соду, то будет выделяться углекислый газ – это химия. О том, что рост и созревание яблока контролируется фитогормонами – это биология. О том, что яблоко послужило образом, использованным в одной знаменитой картине Магритта – это история искусств.

Поэтому я предпочитаю разделение на «объективные» и «субъективные» науки. Которое примерно соответствует англоязычному разделению на «science» и «arts».
g_ryurikov: (Default)
У нас ведь как: если ты критикуешь методы борьбы с колорадским жуком, – объявят, что ты на стороне жуков.
g_ryurikov: (Default)
Откуда, интересно, появился обычай отождествлять ярлык «ламаркизм» с пресловутым «наследованием приобретённых признаков»? Читаю сейчас обзор [livejournal.com profile] caenogenesis, посвящённый современной эволюционной биологии (кстати, очень рекомендую), – «...оказалось, что и Ламарк тоже был частично прав: включение в геном мобильных элементов приводит к самому настоящему наследованию приобретённых изменений». Во-первых, это просто оксюморон, так как изменения в любом случае должны быть так или иначе приобретёнными. И, во-вторых, отличие именно ламарковой теории в том, что она говорит о наследовании не просто приобретённых признаков, а признаков, приобретённых путём упражнения. Если, согласно современным мэйнстримным представлениям, придерживаться положения о том, что специфическим субстратом наследственности являются нуклеиновые кислоты, это означает, что в них вписывается информация, описывающая характер взаимодействия организма со средой. Это нарушает центральную догму молекулярной биологии, которая утверждает, что никакая осмысленная информация не вписывается в нуклеиновые кислоты иным образом, кроме как с других молекул нуклеиновых кислот. Таким образом, теория Ламарка неверна до тех пор, пока верна центральная догма.

На мой взгляд, известные примеры «наследования по Ламарку» на центральную догму отнюдь не покушаются, поэтому и не являются истинно «ламарковскими» (иногда встречается термин «псевдоламарковские»). Например, горизонтальный перенос, хоть и демонстрирует нам «наследование приобретённых признаков», но признаки приобретаются отнюдь не путём «упражнения», что, вообще говоря, лишает нас оснований трепать попусту имя досточтимого французского шевалье.

Немного сложнее дело обстоит с CRISPR-системой, когда приобретаемые (и наследуемые) признаки появляются именно как ответ на специфические воздействия среды (вирусные атаки). Однако и здесь речь идёт не об «упражнении», а, напротив, о прямом заимствовании готовой генетической информации, то есть, в каком-то смысле, – о ещё одной форме горизонтального переноса.

Мысль

Feb. 8th, 2015 12:01 pm
g_ryurikov: (Default)
Как дефекты на поверхности жемчужины свидетельствуют о том, что она натуральная, так в наше время неточная цитата говорит о том, что человек привёл её по памяти, а не тупо скопипастил, воспользовавшись гуглом.

September 2017

S M T W T F S
     12
3456 7 89
1011 12 13 14 1516
17 18 19 20 212223
24252627282930

Syndicate

RSS Atom

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 21st, 2017 04:03 pm
Powered by Dreamwidth Studios