g_ryurikov: (Default)



Разговор об эволюции генов начинается с того же самого утверждения, что и разговор об эволюции видов – виды происходят от других видов, а гены происходят от других генов. «Деревья» генов строятся на тех же (в общих чертах) основаниях, что и «деревья» видов; и важный, но, возможно, несколько неутешительный вывод заключается в том, что они плохо соответствуют друг другу (я писал об этом в прошлом посте).

В отличие от видов, которые просто дивергируют, гены могут расходиться разными способами – следовать за размножением организмов (ортологи), уходить в другую аллельную группу (паралоги) и передаваться другим организмам (ксенологи). Эти варианты трактуются как разновидности гомологии, что само по себе уже порождает затруднение. Понятие гомологии в данном случае явно не аналогично ни одному из многочисленных определений гомологии для морфологических структур. Дерево описывает степень родства, и мы говорим, например, что леопард и тигр более родственны между собой, чем с медведем, но мы не говорим, что они «гомологичны».

В этой связи проблематичным становится определение «возраста генов», которым пользуется Кунин. Если мы имеем дерево генов, то никакого «рождения генов» на нём не происходит (считать таковым каждую точку дивергенции невозможно, так как это каждая репликация). Кунин даёт такое определение: “«Эволюционный возраст» соответствует самому старому таксономическому узлу, в котором могут быть определены гомологи для белка, производимого данным геном.” (с. 74). «Могут быть определены» – не слишком ли субъективное определение возраста, ведь оно фактически завязано на ограничения метода, которым мы пользуемся?

Читаем далее: “Один из выводов состоит в том, что характерная продолжительность жизни животного гена в этих линиях охватывает по меньшей мере сотни миллионов лет.” (с. 86). Откуда же ген берётся и куда он девается потом? И сразу парадоксальный ответ на этот вопрос: “Несмотря на частую потерю в отдельных эволюционных линиях, гены характеризуются чрезвычайной долговечностью, и многие из них, возможно, бессмертны.” (там же). Итак, ген может «потеряться» (видимо, это и есть «смерть гена»), но он должен «потеряться» со всеми своими гомологами. Я могу представить себе вымирание семейства или отряда, но вымирание «всех родственников» – непонятно что, так как не определена степень родства. Может быть, нужна иерархическая таксономия для генов вместо субъективного различения «гомологи / не гомологи»?
g_ryurikov: (Default)



Хотел написать серьёзный текст про книгу Кунина, но, видимо, мне это не по зубам. Ограничусь отдельными соображениями. Соображение первое. Кунин много пишет о «падении филогенетического древа».

«Таким образом, идеальное ДЖ оказалось химерой, поскольку широко распространенный ГПГ приводит к тому, что древо любого отдельного гена не является точным отображением эволюции целых геномов. Осознание того, что ГПГ среди прокариот является доминирующей формой эволюции, а не редким процессом, привело к идее «выкорчевывания» ДЖ» (с. 176).

Под «древом жизни» понимается древо предков и потомков. Читаем на с. 174: «Концепция древа жизни (ДЖ) в ее современном значении была впервые представлена Дарвином в его записных книжках еще в 1838 году. ... Тем не менее именно Дарвину принадлежит плодотворная идея о том, что различные виды связаны между собой древом, причем листья соответствуют существующим в настоящее время видам, а внутренние вершины – вымершим, предковым формам». Итак, речь идёт именно о предках и потомках, а не просто о «донорах генов».

По-моему, даже при очень большой горизонтальной компоненте, «путающей карты», говорить об отсутствии «древовидной компоненты» нельзя. Так как «вертикально» всегда что-то передаётся, это и есть «древовидная компонента». И если методы, которыми работает Кунин, не позволяют её с достаточной уверенностью выделить, то это не означает, что её нет. Она объективно есть.

Проблема тут, на мой взгляд, исключительно в нетождественности «деревьев генов» и «деревьев организмов». Если нас интересует эволюция генов, то сама постановка вопроса о «падении филогенетического древа» оказывается ложной, так как у генов есть единственный способ передачи наследственной информации – репликация. Различие между ортологами, паралогами, и ксенологами появляется лишь тогда, когда мы начинаем говорить об организмах.

Если же нас интересует эволюция организмов, то дерево здесь традиционно описывает происхождение организмов, – то есть вертикальную компоненту. «Я произошёл от...» подразумевает цепочку поколений, появляющихся путём размножения организмов. В этом смысле я произошёл от своего прадедушки (и получил от него какие-то гены), я произошёл от своего очень далёкого пра-пра…прадедушки (хотя, возможно, не унаследовал от него ни единого нуклеотида), но я не произошёл от случайного прохожего (от которого мне, возможно, достались некоторые вирусные последовательности).

Всё это указывает скорее не на «падение филогенетического древа», а на то, что метод анализа геномов просто-напросто не подходит для изучения филогении на уровне организмов или выше (точнее, конечно, не «не подходит», а имеет существенные ограничения). Древовидная компонента в филогении существует просто по определению, – но гены действительно далеко не всегда передаются в соответствии с ней.
g_ryurikov: (Default)



Прочитал «Мир, полный демонов». Интересная книга, хотя и не сказать, чтобы увлекательная. Автор не пытается интриговать, а просто говорит, что думает. А что он думает – в общем-то ясно с самого начала. В аннотации про книгу сказано, что это «манифест скептика, учебник здравого смысла и научного метода». Так вот, это гораздо больше манифест, чем учебник. Читается как затянувшееся предисловие, где-то с середины плавно перетекающее в заключение (а в книге больше 500 страниц). Некоторые главы были в своё время опубликованы отдельно.

В первой половине книги автор довольно убедительно показывает, что хороший специалист по уфологии, одержимости нечистой силой etc. – это прежде всего хороший специалист по клинической психологии. В последних главах много рассуждений о социальных причинах невежества и много политики. Американское общество автор критикует довольно остро, что выдаёт настоящего патриота. Хотя, конечно, проблемы, о которых он пишет – не только американские, они общие.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Да, что-то я так и не написал про эту книгу. А книга очень хорошая.

Биографии великих людей часто представляют собой одну из двух крайностей – или сухой набор фактов, за которыми не видно живого человека, или полная драматического психологизма история, в значительной степени представляющая авторскую отсебятину. Книга Максима Чертанова лишена недостатков обоих вариантов, – наоборот, автору удалось, довольно дотошно следуя документам и дневникам Дарвина, рассказать полную убедительных деталей историю великого естествоиспытателя, после которой остаётся впечатление почти личного знакомства с ним. Очень рекомендую всем.

Кстати, прочёл этого же автора биографию Конан Дойля – тоже очень хорошо.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Прочитал, наконец, «Слепого часовщика». На мой взгляд, это одна из лучших книг Докинза – наряду с «Эгоистичным геном» и «Расширенным фенотипом». Гораздо лучше, чем «Самое грандиозное шоу», которое вроде бы про то же самое, но, на мой взгляд, куда менее содержательно.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Прочитал «Сумму биотехнологии» А. Панчина [livejournal.com profile] scinquisitor. Книга действительно отличная. Тема важная, актуальная, интересная, а популярная книга про всё это на русском языке – пока одна, и вот она. Я её открывал с мыслью, что название, возможно, не очень удачное; но оказалось не так – оно довольно точно отражает содержание книги.
Начинаясь введением о том, что такое ГМО, связанных с ним мифах, и о том, как к ним относиться (первые 4 главы), книга перетекает в довольно подробный экскурс в реальную методологию этих самых биотехнологий с азами молекулярной генетики. Неспециалистам некоторые места могут показаться сложноватыми, но дорогу осилит идущий, – а написано и живо, и интересно.
Понимание целевой аудитории у автора, кажется, есть.
И огромный респект за корректно составленный список литературы.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Книга «Революция в зрении» оказалась для меня довольно приятным сюрпризом. Она посвящена теме, которой я, в общем-то, никогда специально не интересовался – некоторым особенностям нашего зрения. Огромное достоинство книги – логичность и последовательность. Книга состоит из четырёх глав, в каждой из которых обсуждается теория возникновения тех или иных интересных особенностей зрения, – всего четыре теории. Должен сказать, что все четыре были для меня новыми, хотя каждая из них опирается на весьма общеизвестные факты. Их обсуждение можно назвать популярным пособием по научному методу, – там всё чётко: выдвижение гипотезы, её тестирование, интерпретация фактов. При том, что стиль изложения действительно очень доступный.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Прочитал «Доказательство Бога. Аргументы учёного.» Ф. Коллинза. На самом деле, вполне нормальный научпоп из серии "про геномы и про эволюцию". Никаких "доказательств Бога", – во всяком случае, рационалистических – в книге нет (к чести автора, молекулярного генетика, руководителя проекта по расшифровке генома человека), так что название немножко вводит в заблуждение. Разговоры про науку перемежаются постоянными напоминаниями о том, что автор – христианин, и его соображениями в этой связи. Не слишком оригинальными, что естественно, так как Коллинз всё-таки генетик, а не богослов. Какого-то "органического синтеза" науки и религии я там не увидел, хоть, кажется, автор и пытался его произвести. Но показал лишь только, что одно не обязательно мешает другому, что, впрочем, тоже имеет ценность.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Прочитал «Происхождение жизни. Наука и вера». Нарочно даю картинку англоязычного издания – каждый сам может сделать выводы об адекватности перевода названия.

Книга занимает довольно специфическую нишу – это классический пример «просветительской, но не популярной» литературы. Она написана большим коллективом авторов и представляет из себя своего рода официальную энциклику – что национальная академия наук и институт медицины США думают относительно эволюции и креационизма. Всё довольно чётко, наглядно и понятно для неспециалиста, но, на мой взгляд, несколько суховато и без «изюминки». Впрочем, не уверен, что это можно считать недостатком. Во всяком случае, видимо, никакого баловства и заигрываний с читателем не предполагалось с самого начала – сама идея книги этого не предполагает.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Прочитал «Генетическую одиссею человека». Добротный такой научпоп, автор явно знает в нём толк (в научпопе). Стиль, уровень подачи довольно ровненький, то есть автор знает своего читателя и ориентируется на него. По содержанию некоторые вещи могут показаться не совсем логичными, но это если читать очень вдумчиво (а это необязательно). В переводе есть шероховатости, но не критичные.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Прочитал "Мутантов". Отличная книжка, написано и живо, и познавательно, и без чернухи, которая приходит на ум при взгляде на обложку. Рекомендую.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Вторая книга Нила Шубина хуже, чем первая.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Прочитал книгу Аси Казанцевой [livejournal.com profile] asena «Кто бы мог подумать!». Книжка действительно хорошая (лучше, чем я думал). Особенность книги – не только некий настрой автора на широкую аудиторию и отказ от академизма, но и реальное следование этому принципу. Большинство современных популярных книг о биологии (а у меня набралась довольно большая коллекция) имеют своего читателя в основном в виде тех, кто уже интересуется биологией и решил расширить свой кругозор. Узок круг этих революционеров Таких читателей далеко не так много, как хотелось бы. Эта же книга действительно написана очень легким языком, и в ней автором сделано всё, чтобы заинтересовать «ленивого» читателя. Черты стиля Аси Казанцевой, которые могут показаться неоднозначными, – манера «неакадемично» шутить и неожиданные автобиографические вкрапления – на самом деле очень важные элементы, отчасти благодаря именно им стиль воспринимается как очень непосредственный (а не создаёт ощущения «вещания с высоты»). Это чрезвычайно ценная черта в данном жанре.

Мне, человеку с биологическим образованием, читать эту книжку было, пожалуй, скучновато. Это первая среди прочитанных мной за последнее время научно-популярных книг, из которой я не узнал практически ничего нового. Но объективно я не могу назвать это её недостатком. Такие книги (именно такие), я думаю, безусловно нужны, и их нужно больше.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Часто приходится слышать, что хоть Шерлок Холмс и называл свой метод "дедуктивным", это, мол, неправильно. Всем привычно, что когда заключения делаются на основе отдельных фактов – это называется "индукция". Но как сам Холмс объясняет суть своего метода? – "Отбросьте все невозможное, то, что останется, и будет ответом". Если бы не упрямая хронология, я бы решил, что Конан Дойль вдохновлялся Поппером. Наоборот, конечно, вряд ли, но это была бы интересная теория. :)

"Дело в том, что универсальные высказывания никогда не выводимы из сингулярных высказываний, но последние могут противоречить им. Следовательно, посредством чисто дедуктивных выводов (с помощью modus tollens классической логики) возможно переходить от истинности сингулярных высказываний к ложности универсальных. Такое рассуждение о ложности универсальных высказываний представляет собой единственный вид выводов чисто дедуктивного типа, который идет, так сказать, в «индуктивном направлении», то есть от сингулярных высказываний к универсальным". (К. Поппер, "Логика научного исследования").
g_ryurikov: (Default)



Прочитал вышедшую недавно книгу Л. А. Животовского «Неизвестный Лысенко». Книга вызывает интерес прежде всего тем, что претендует на объективный и взвешенный анализ в отношении оценки личности Т. Д. Лысенко. Лично меня появление такой книги очень радует, так как это едва ли не уникальный пример текста о Лысенко, не носящего ни апологетический, ни пасквильный характер. В настоящее время приходится сталкиваться с тем, что любой разговор на эту тему принимает исключительно характер обмена нелепыми анекдотами и вырванными из контекста цитатами.

Животовский в своей книге старается развенчать две основные легенды о Т. Д. Лысенко: о его абсолютной несостоятельности как биолога и селекционера, и о его чуть ли не единоличной виновности в репрессиях генетиков. По первому пункту автор анализирует список достижений Лысенко, а также цитирует весьма позитивные высказывания о нём разных биологов, в том числе противников Лысенко. По второму – автор напоминает об особенностях социально-политической системы той эпохи и интегрированности с ней научного сообщества, и, в частности, убедительно показывает, что распространённое представление о ключевой роли Т. Д. Лысенко в трагической кончине Н. И. Вавилова является в полной мере «лишней сущностью».

Со многим в книге можно поспорить. Лично мне оценка Животовским значения достижений Лысенко (в особенности в отношении теоретической биологии) кажется завышенной. А подборка цитат в разделе «Отзывы учёных о научной деятельности Т. Д. Лысенко» – весьма тенденциозной. В частности, совершенно дифирамбическая по отношению к Лысенко цитата Н. П. Дубинина в начале этого раздела у непосвящённого читателя может вызвать ощущение, что она однозначно и правильно раскрывает тему «отношение Дубинина к Лысенко».

Ещё одно место, от цитирования которого я не могу удержаться: «Например, с эволюционных позиций Т. Д. Лысенко утверждал, что «наследственность есть эффект концентрирования воздействий условий внешней среды, ассимилированных организмами в ряде предшествующих поколений» (Лысенко 1948, стр.33). Это фактически не что иное, как идея генетической «фиксации» адаптивных модификаций, сформулированная И. И. Шмальгаузеном в его знаменитой теории стабилизирующего отбора (Шмальгаузен 1982, стр. 367)».

Такая аллегорическая трактовка, безусловно, интересна, однако на этот счёт имеется чётко выраженное мнение самого Т. Д. Лысенко: «Исходя из морганистской концепции мутаций, Шмальгаузен декларировал глубоко неверную идеологически, обезоруживающую практику, теорию так называемого "стабилизирующего отбора". … Утверждение Шмальгаузена и вся его концепция "стабилизирующего отбора" являются проморганистскими». (Лысенко Т. Д., Вступительная речь на сессии ВАСХНИЛ «О положении в биологической науке», 1948).

Подобное притягивание за уши для «защиты» Лысенко его противников, и в том числе довольно непримиримых противников, на мой взгляд, даёт скорее обратный эффект: слишком недвусмысленно говорит о явной нехватке аргументов «за».

Впрочем, книга, вызывающая критику – это нормально. В данном случае очень важно, что речь идёт именно о критике, а не о желании плеваться.

Читаю

Apr. 13th, 2013 12:52 pm
g_ryurikov: (Default)
Хотел купить книгу Маскима Чертанова про Дарвина, а вместо этого купил про Конан Дойля. Очень интересно, между прочим.
g_ryurikov: (Default)


Эта книга довольно долго простояла у меня на полке, прежде чем я взялся её читать. Признаюсь, семисотстраничный объём меня несколько настораживал и я опасался увязнуть, потеряв интерес где-нибудь посередине. Оказалось, что опасения были напрасными – книга читается довольно легко. Этому способствует и приятный язык (отдельное спасибо переводчику [livejournal.com profile] tinmonument), и наличие чего-то вроде фабулы (в её роли выступает биографическая канва, последовательно проводящая нас по жизненному пути автора). Да, мэтр писал размашисто и обстоятельно, явно не стремясь к сжатому объёму. Сугубо личных воспоминаний автора, разговоров о судьбах венских евреев в частности и о еврейском вопросе вообще в книге едва ли не больше, чем нейробиологии и психологии. Впрочем, её это не только не портит, а скорее, спасает, избавляя читателя от необходимости беспрестанно продираться сквозь рассказ о работе нейромедиаторов и регуляторных белков. Так что рекомендую.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Прочитал «Во что мы верим, но не можем доказать». Разочарован, – я, честно говоря, от этой книги ожидал несколько другого. У меня сложилось впечатление, что «интеллектуалы XXI века» оказались не готовы к непривычному для них вопросу. Из более чем сотни коротеньких эссе, написанных разными авторами, хоть как-то зацепили меня единицы. Остальное... есть такие, которые сводятся к банальным презумпциям. Некоторые показались мне откровенным бредом. И, наконец, ещё одна важная категория – в качестве предметов веры авторы выставляют свои вполне научные, хотя пока ещё непроверенные, гипотезы. Неинтересно.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)
Хочу вынести сюда отдельно избранные цитаты из Пржевальского, ибо это поистине замечательно. У меня есть идея исписать некоторыми из этих цитат наше экспедиционное оборудование, чтобы были на виду.

Итак, "Из Зайсана через Хами в Тибет и на верховья Желтой реки".

...Уменье хорошо стрелять стояло вопросом первостепенной важности, – это была гарантия нашей безопасности в глубине азиатских пустынь, наилучший из всех китайских паспортов.

...Баранина, обыкновенно вареная, составляет здесь незаменимую пищу, которая притом имеет то великое достоинство, что никогда не надоедает, подобно, например, разной дичине или мясу рогатого скота.

...При этом нужно правду сказать, что расспросы через переводчика также немало влияют на суть самого рассказа. Такое неудобство чувствуется всего сильнее при разговоре о предметах более или менее отвлеченных. Тут нужно сначала втолковать своему толмачу, а затем уже немало ждать, пока он, конечно по-своему, разъяснит монголу и получит от него ответ, который также передаст по собственному разумению. В результате обыкновенно получается такая ахинея, что только махнешь рукою и перестанешь понапрасну тратить время.

...путешественнику в азиатских пустынях необходимо оставить дома всякую брезгливость, иначе лучше не путешествовать.

...Словом, все физико-географические данные сложились, как нарочно, не в пользу Тибета. Но хотя его климат вообще мало заслуживает похвалы, он все-таки не столь ужасен, как повествуют о том индусы и китайцы, привыкшие к благодатной природе своих стран.

...Здесь кстати сказать, что ежедневная мясная пища совершенно необходима в путешествии, при постоянных усиленных трудах. Притом же аппетит всегда бывает удивительный.

June 2019

S M T W T F S
      1
2345678
9101112131415
1617 1819202122
232425262728 29
30      

Syndicate

RSS Atom

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 25th, 2025 02:28 am
Powered by Dreamwidth Studios