g_ryurikov: (Default)


«Дорогу — фантазмам!» — так озаглавлено коротенькое введение к книге А. Ю. Журавлёва «Парнокопытные киты, четырёхкрылые динозавры, бегающие черви...». Нет, «фантазмы» в данном случае не имеют отношения к фильму Дона Коскарелли, в их роли здесь выступают удивительные, необычайные, фантастические ископаемые существа, о которых может поведать палеонтология. «И немного фантазии. Совсем чуть-чуть.» — пишет автор.

Книга именно популярная — автор старается читателя завлечь и местами даже развлечь. Шутит, травит байки, и к тому же рассказывает множество действительно интересных вещей про древних животных. Правда, вот про парнокопытных китов, четырёхкрылых динозавров и бегающих червей в книге не будет практически ничего: первым посвящено несколько строчек, вторые упоминаются только на первой странице со словами «но жили на Земле организмы гораздо интереснее», в качестве «бегающих» же червей описывается такое: «Ну как подобное толстое создание с хоботом могло передвигаться на своих несуразных культяпках с коготками на самых кончиках, растопыренных в разные стороны? Его несколько более древние североевропейские и китайские родственники, названные ксенузиями (родовое название одного из таких существ — Xenusion), тоже отличались странным сложением — их лапки были столь длинными и тонкими, что годились, разве чтобы распластаться на поверхности».

Да, шутки шутками, а через все эти названия древних червяков в первой части книги придётся продираться всерьёз: ксенузии, экдисозои, палеосколициды, опистоконты, памбделурии, ханцеллорииды, лофотрохозои, эксцентротеки, лорициферы — не вздумайте перепутать, кто из них кто, потеряете содержательную часть, останутся одни воспоминания, что всё про какие-то «фантазмы»... Дальше будет легче, хотя и не всегда понятнее: если вы внимательный читатель, старающийся вникать во все причинно-следственные связи, то будьте готовы, что некоторые вещи объясняться не будут: если что-то объяснить сложно, автор этого просто не делает. Там же, где объясняет, старается, чтобы получилось попроще, иногда явно утрирует. Осведомлённый читатель поймёт, где немного притянуто за волосы, но ведь мы, кажется, не для него стараемся? В общем, меня не покидало ощущение постоянной небрежности текста, которая стала ценой лёгкости изложения. Я регулярно зависал и думал: это вот здесь косяк автора, косяк редактора, или это я совсем идиот, и ничего не понимаю? Можно спокойно проглотить, что у изотопа 12C в ядре 12 нейтронов, и читать дальше. А кто-то так и запомнит.

Такой вот, например, пассаж довольно типичен: «Получается, что в начале всего было грибоживотное и все мы — немного грибы». Ну да, рассказывается о заднежгутиковых — «грибоживотной ветви органического мира», да у нас были общие предки с грибами… Почему мы от этого «немного грибы»?.. Но звучит эффектно, да.

Или вот: «Оказывается путь к сердцу мужчины (равно как и женщины) и, что самое важное, к мозгу лежит через желудок. Именно там находится “микробный орган” — богатое и разнообразное сообщество из 100 триллионов (1014) бактерий, архей и других микроорганизмов (при том что собственных — человеческих — клеток во всём нашем теле насчитывается на порядок меньше)...». Известную пословицу, конечно, соблазнительно использовать. Но ведь нету столько микробов у нас в желудке, микрофлора желудка вообще крайне бедная. Имеется в виду, конечно, микрофлора кишечника, но для красного словца его можно и желудком назвать, да?

А вот здесь что имелось в виду? «То, что отличает их [завропод] от прочих обитателей суши, — очень длинная шея и хвост. Эти органы создавали значительную площадь для испарения влаги, то есть для охлаждения: у жираффатитана площадь поверхности шеи достигала 21,5 квадратных метра, хвоста — 16,5, у диплодока — 10 и 19 соответственно». Испарения влаги? Какой влаги? Это ж рептилии, кожа должна быть сухая... Нет, дело не в том, что они якобы вели полуводный образ жизни, автор прямо перед этим защищает идею, что они всё же были наземными. В общем, буду рад, если кто объяснит мне, чего я тут не понял.

«По правому северному борту речки протягивается иссиня-черная узкая полоска морских известняков. Они считаются единственными в Иберийских горах протерозойскими известняками, поскольку какие-либо органические остатки в них не найдены». Чувствую себя совсем тупым. Отсутствие органических остатков указывает на то, что это известняки? Или что они протерозойские? Почему?

«Азотистые и фосфорные соединения цветковые тоже запасают в больших объемах, чем голосеменные. У последних все уходит в обедненный этими веществами лигнин (древесину), которого у них по массе примерно в два раза больше». Найдутся ведь читатели, которые запомнят, что «лигнин» и «древесина» — это одно и то же, и будут ссылаться — доктор биологических наук написал, профессор...

«Основу кишечной микробиоты у растительноядных животных составляют анаэробные бактерии, отчасти жгутиковые простейшие и грибы. Поэтому одним из конечных продуктов пищеварения у жвачных является парниковый газ — метан, у сумчатых — водород, а у людей — азот и углекислый газ». Тут я завис надолго. Гуглил. Таки азот? Кишечная микрофлора у людей? Кто, кто вырабатывает у нас молекулярный азот?

«Однако синие фотоны несут больше всего энергии, хотя и встречаются реже других (на них и охотятся наземные фотосинтетики), а красные фотоны хотя и менее энергоемки, но обильны. Поэтому многие морские водоросли поглощают красные фотоны — частицы других цветов, в том числе зелёные, до них просто не доходят». Я знаю причину, по которой до водорослей могут не доходить именно красные лучи — на глубину приникает только высокочастотный свет. Или что-то другое имеется в виду?

«Более трети из примерно 23 тысяч наших генов — общие с бактериями (ещё треть мы разделяем с эукариотами в целом, 16 процентов — с животными, 13 — с позвоночными, 6 — с приматами, 0,16 — с неандертальцем)...». Цифры — это хорошо. Читатели любят цифры. Только вот как считаются эти «общие гены»? Это все общие гены? Тогда не понятно, почему с увеличением степени родства их число уменьшается. Или «общие гены с приматами» — это гены, которые общие только с приматами, но отсутствуют у других позвоночных? То есть у нас с неандертальцем около 37 (0,16% от 23000) общих генов, которых нет у шимпанзе, что ли?.. Вообще очень подозрительная цифра 0,16% — в литературе именно она приводится как оценка для степени различия генома человека и неандертальца. Совпадение?

«В свою очередь, астрофизики изобрели причину этой периодичности: двойную звезду Солнца — со зловещим именем Немезида, которая, обращаясь по очень вытянутой эллиптической орбите, пересекает облако Оорта — триллионное скопление комет, окружающее Солнечную систему, — и своим притяжением изменяет орбиты этих небесных тел». Я не астроном, но, по-моему, двойной звездой всё-таки называется система, включающая обе звезды. Если речь идёт о двойной звезде, то не Немезида — двойная звезда, а система Солнце-Немезида — двойная звезда. Я не прав? Буду рад узнать об этом больше.

«Змеи потеснили ящериц, а плацентарные млекопитающие — сумчатых: в позднемеловую эпоху на северных континентах, а позднее — в плиоценовую эпоху (3-4 миллиона лет назад), когда образовался Панамский перешеек, и в Южной Америке (уцелели те лишь в Австралии и на ближайших к ней островах)». Вот это вот извините. В Южной Америке они таки тоже уцелели, хоть и потеснённые. Некоторые очень даже неплохо себя чувствуют, и даже распространились в Северную Америку.

«Альфа-протеобактерия стала симбионтом около 2,1 миллиарда лет назад: к этому уровню приурочены древнейшие остатки настоящих клеточных организмов, то есть эукариот». «Настоящих клеточных организмов, то есть эукариот». Чёрт, здесь же дети — то есть, ну, люди же это читать будут!

«Ныне зоологи именуют их Amoebozoa, или общественными амёбами. По-русски они называются слизевиками из-за выделяемой ими слизи». Amoebozoa — это то же самое, что «общественные амёбы», так это надо понимать? Ага-ага.

«520-360 миллионов лет назад именно бесчелюстные господствовали среди позвоночных. Девонский период оказался для них переломным: из морей их вытеснили челюстноротые — рыбы и позднее их потомки (земноводные, пресмыкающиеся, птицы и млекопитающие)». Кто, как не птицы, вытеснили бесчелюстных из полюбившихся им морей? Это, впрочем, вряд ли кто воспримет всерьёз.

«Полностью растительноядным хищником является, например, большая панда, которая питается исключительно бамбуком». Автор хотел написать «растительноядным хищным»? Это было бы правильно. Я зануда? Названия таксонов с обозначением способа питания путать нехорошо.

Ну, и так далее. Ощущение, что прежде всего издательство сэкономило на редакторах. Большая часть шероховатостей не досталась бы читателям при хорошей редакторской работе. Корректор тоже местами халтурил, хотя не сильно. Зато бумага хорошая, интересные рисунки и оформление. В общем, такие дела.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)
Постарался собрать воедино цитаты, в которых Шерлок Холмс формулирует свой "главный принцип".


— Отбросьте все, что не могло иметь места, и останется один-единственный факт, который и есть истина.
— Действительно, все очень просто, — сказал я, помолчав. — Но случай этот, как вы сами заметили, простейший. Извините мою назойливость, но мне хотелось бы подвергнуть ваш метод более серьезному испытанию.
(«Знак четырёх»)


Размышляя над всей этой историей, я исходил из предпосылки, что истиной, какой бы невероятной она ни казалась, является то, что останется, если отбросить все невозможное. Не исключено, что это оставшееся допускает несколько объяснений. В таком случае необходимо проанализировать каждый вариант, пока не останется один, достаточно убедительный.
(«Человек с белым лицом»)


— Следует вспомнить старую аксиому: когда исключаются все возможности, кроме одной, эта последняя, сколь ни кажется она невероятной, и есть неоспоримый факт. Все другие возможности нами исключены. Когда я выяснил, что крупный международный шпион, только что выбывший из Лондона, проживал в одном из домов, выходящих прямо на линию метро, я до того обрадовался, что даже удивил вас некоторой фамильярностью поведения.
(«Чертежи Брюса-Партингтона»)


Один из основных принципов практической логики сводится к тому, — замечает автор письма, — что после исключения невозможного оставшееся, каким бы неправдоподобным оно ни казалось, должно быть истиной.
(«Исчезновение экстренного поезда»)


Мой старый принцип расследования состоит в том, чтобы исключить все явно невозможные предположения. Тогда то, что остаётся, является истиной, какой бы неправдоподобной она ни казалась.
(«Берилловая диадема»)


— Но как же тогда?
— Вы просто не хотите применить мой метод, – сказал он, качая головой. — Сколько раз я говорил вам, отбросьте всё невозможное, то, что останется, и будет ответом, каким бы невероятным он ни казался.
(«Знак четырёх»)
g_ryurikov: (Default)
Это каталог моих рецензий и вообще всяких высказываний по поводу прочитанных научно-популярных книг.

Айала Франсиско Х. и др., "Происхождение жизни. Наука и вера"
Брокман Джон, сост., "Во что мы верим, но не можем доказать"
Даймонд Джаред, "Ружья, микробы и сталь"
Докинз Ричард, "Слепой часовщик"
Дробышевский Станислав, "Антропогенез"
Жуков Борис, "Введение в поведение"
Журавлёв Андрей, "Парнокопытные киты, четырёхкрылые динозавры, бегающие черви..."
Журавлёв Андрей, "Летающие жирафы, мамонты-блондины, карликовые коровы..."
Зуев Виктор, "Многоликий вирус"
Казанцева Ася, "Кто бы мог подумать!"
Казанцева Ася, "В интернете кто-то неправ!"
Кандель Эрик, "В поисках памяти"
Коллинз Френсис, "Доказательство Бога"
Кэрролл Шон, "Бесконечное число самых прекрасных форм"
Леруа Арман Мари, "Мутанты"
Любарский Георгий, "Рождение науки"
Марков Александр, "Рождение сложности"
Никитин Михаил, "Происхождение жизни. От туманности до клетки"
Панчин Александр, "Сумма биотехнологии"
Ридли Мэтт, "Геном"
Саган Карл, "Мир, полный демонов"
Уэллс Спенсер, "Генетическая одиссея человека"
Циммер Карл, "Паразит – царь природы"
Циммер Карл, "Эволюция: триумф идеи"
Циммер Карл, "Планета вирусов"
Чангизи Марк, "Революция в зрении"
Чертанов Максим, "Дарвин"
Шубин Нил "Внутренняя рыба"
Шубин Нил "Вселенная внутри нас"
g_ryurikov: (Default)


Оказывается, я ничего не написал про эту книгу. Возможно, потому, что неинтересно писать чисто хвалебные рецензии. Эта книга — один из несомненных лидеров в моём рейтинге научно-популярной литературы. На материале, хорошо знакомом автору по его собственному опыту, Шубин знакомит читателей с мыслью, которая в общем-то является отправной точкой в современной сравнительной анатомии: "Лучшая карта человеческого тела — в телах других животных". Верно и обратное: человеческое тело может служить наглядным пособием по нашей эволюционной истории. Как в конструкции старого, многократно перестраивавшегося и приспосабливавшегося к новым нуждам здания остаётся многое, что расскажет о его прошлом, так и тело человека содержит «внутреннюю рыбу» — множество черт и особенностей, которые необъяснимы с позиции «зачем?», но объяснимы только с позиции «откуда взялось?». Эту книгу я действительно очень настоятельно рекомендую всем, кто интересуется эволюционной биологией, и кто её ещё не прочёл. Она хорошо написана, хорошо переведена (спасибо tinmonument) и рассказывает о действительно интересных и важных вещах.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Книжка небольшая, общий объём — 163 страницы, из них первую половину занимает обзор систематики и эволюции приматов вообще, вторую — разговор про «сугубо человеческую» (то есть с австралопитеков) линию.

Вообще штука очень нужная. Где ещё в сжатом объёме, без лишних разглагольствований, на русском языке изложены основные данные по антропогенезу с учётом всех новейших находок? Нигде. Не совсем, правда, понятно, кого автор видит в качестве читателей книги. На титульном листе красуется надпись «рекомендуется слушателям культурно-просветительского центра “АРХЭ” и читателям портала Антропогенез.ру». То есть как бы декларируется, что книга рассчитана на широкую аудиторию, без какой-либо специальной подготовки. Ой, ну я прям не знаю. Слушателей “АРХЭ” и читателей портала я должен предупредить, что их в книге встретит шрапнель латинских названий и специальных терминов. Если вдруг кто рассчитывает обнаружить под этой обложкой захватывающий триллер о том, «как обезьяна встала на ноги и взяла в руки дубину» или что-то в этом роде, то вместо этого почти все 163 страницы там будет такое: «Зубная формула не самая примитивная: 2133/3133; I3 маленький. Плацента эндотелиохориальная, лабиринтообразная, бидискоидальная, отпадающая». ... «Нижняя челюсть очень массивная; симфиз резко скошен; восходящая ветвь широкая и высокая; венечный отросток выше низкого суставного; альвеолярная дуга прямоугольная, линия резцов выпуклая, C1 находятся на углах, линии заклыковых зубов могут сходиться назад, иногда развивается M4». ... «...развитие треугольника Варда — расположенных под взаимными углами трёх преобладающих направлений трабекул верха бедренной кости; развитие шероховатой линии бедренной кости для прикрепления медиальной группы мышц бедра, сводящих ноги; выраженный кондилодиафизарный угол — наклонное положение продольной оси диафиза бедренной кости к основанию мыщелков»...

Не поможет даже базовое биологическое образование. Кто без специальной подготовки в области антропологии сходу вспомнит, что такое бирзоидная форма черепа? Или в чём тонкая разница между прямоугольными глазницами и подпрямоугольными? Или если написано «затылок умеренно преломленный» — даже если мы понимаем, о чём в принципе идёт речь, — какую степень преломленности считать умеренной, если ты не передержал в своих руках сотни черепов? «Предупреждать надо» (с).

На самом деле, этим самым — слушателям центра и читателям портала — эту книгу можно действительно считать в высшей степени рекомендованной. С единственной, но очень важной целью — помочь понять, что просмотр пары лекций на “АРХЭ” ещё не делает тебя антропологом.

В некоторых местах подход автора к систематике мне показался немного волюнтаристским. Спорить я не возьмусь, но потенциально непосвящённого читателя можно бы и предупредить, что можно по-другому.

Издано так себе. Плёночка, которой заламинирована обложка, начала отслаиваться почти сразу же. Картинка на форзаце, видимо, содержала какую-то ошибку и поверх заклеена другой. В одном месте между страницами просто засунута бумажка, на которой исправляется опечатка. А денег, между прочим, эта тоненькая книжечка в мягком переплёте стоит не так чтобы сверхбюджетно. Кстати, в выходных данных я не нашёл никакой информации о тираже.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Совершенно шикарную книгу написал Михаил Никитин (_hellmaus_), все давно её обсуждают и ссылаются, и вот я тоже наконец-то её дочитал. Книга обладает рядом совершенно замечательных достоинств. Во-первых, она уникальна в своём роде: в ней написано о вещах, которые не написаны ни в какой другой популярной книге на русском языке. В школьных учебниках на тему происхождения жизни до сих пор излагаются настолько морально устаревшие вещи, что просто хочется плакать. Ничего другого, где хоть как-то более-менее подробно освещались современные научные представления по поводу этого вопроса, на русском языке просто нет. Во-вторых, книга очень информативна. Я с трудом представляю себе человека, который не извлечёт из неё для себя ничего нового — ну разве что сам автор и его коллеги, специализирующиеся в той же области. Лично я узнал для себя очень много и мне было очень интересно. Текст сопровождается ссылками на оригинальные исследования; данные, которыми располагает современная наука, представлены со всей объективностью с обязательным указанием на дискуссионность ряда важных моментов: всё как в настоящей науке, то есть без попыток создать иллюзию полного и достоверного знания.

Из достоинств книги вытекают и её недостатки: она будет по зубам далеко не всем. Даже профессиональным биологам, в своё время прогуливавшим лекции по биохимии, может быть местами сложновато. Читателям же без базового биологического образования будет сложновато почти всё время. Здесь мне не в чем упрекнуть автора, так как этот недостаток в данном формате является неустраняемым. Чтобы худо-бедно уяснить не только выводы, но и аргументацию, нужно обладать определённой базой знаний, из которой вытекает хотя бы даже сама постановка проблем. Сами вопросы, которые ставятся в контексте разговора о происхождении жизни, являются результатом определённых достижений науки (причём по большей части относительно недавних). Именно поэтому настолько неактуально всё, что написано на эту тему в большинстве школьных учебников: в них по сути излагаются теории, относящиеся ко времени, когда люди даже не знали о роли ДНК. Наука с тех пор не просто ушла вперёд, а ушла очень далеко. Те, кто имеет представление, куда она пошла, могут из этой книги узнать много интересного о том, куда она на данный момент пришла.

Так что по большому счёту это книга для расширения кругозора специалистов из смежных областей. Впрочем, я не склонен недооценивать эту функцию научно-популярной литературы, — на мой взгляд, она является чрезвычайно важной. Более того, я считаю, что таких книг должно быть больше. Что, впрочем, не отменяет того факта, что ниша «популярная книга о происхождении жизни для всех интересующихся» до сих пор не занята. Было бы очень здорово, если бы какая-нибудь условная Казанцева изложила бы всё то же самое попроще, и непременно с блэкджеком и шлюхами с историями из жизни и примерами из посторонних областей. Разумеется, условный Белков бы рвал и метал, что там всё чрезмерно упрощено и переврано, а вот по-хорошему надо читать хотя бы Никитина. Но, во-первых, книга Никитина уже есть, и во-вторых, любой, кого интересуют подробности, может к ней обратиться. (Все совпадения имён случайны).

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)

Как мы хорошо помним, в первом произведении «Холмсианы» («Этюд в багровых тонах»), где читатели знакомятся с ещё молодым Шерлоком Холмсом, Уотсон, пытаясь отгадать род занятий своего квартирного соседа, составляет «аттестат», отражающий уровень знаний Холмса в разных областях. Поводом к составлению такого документа послужил диалог, в ходе которого Холмс проявил неосведомлённость относительно того, что Земля вращается вокруг Солнца, и настаивал, что это знание ему совершенно не нужно:

– Видите ли, – сказал он, – мне представляется, что человеческий мозг похож на маленький пустой чердак, который вы можете обставить, как хотите. Дурак натащит туда всякой рухляди, какая попадется под руку, и полезные, нужные вещи уже некуда будет всунуть, или в лучшем случае до них среди всей этой завали и не докопаешься. А человек толковый тщательно отбирает то, что он поместит в свой мозговой чердак. Он возьмет лишь инструменты, которые понадобятся ему для работы, но зато их будет множество, и все он разложит в образцовом порядке. Напрасно люди думают, что у этой маленькой комнатки эластичные стены и их можно растягивать сколько угодно. Уверяю вас, придет время, когда, приобретая новое, вы будете забывать что-то из прежнего. Поэтому страшно важно, чтобы ненужные сведения не вытесняли собой нужных.
– Да, но не знать о солнечной системе!.. – воскликнул я.
– На кой черт она мне? – перебил он нетерпеливо. Ну хорошо, пусть, как вы говорите, мы вращаемся вокруг Солнца. А если бы я узнал, что мы вращаемся вокруг Луны, много бы это помогло мне или моей работе?


Я, разумеется, не открою Америку, если скажу, что в дальнейшем Шерлок Холмс никак не оправдывает это представление о себе как о человеке, неожиданно невежественном в элементарных вещах, а напротив, предстаёт как человек удивительно эрудированный в самых разнообразных областях, в том числе никак напрямую не связанных с его работой. И написано, и сказано на эту тему немало. Но я попытался по возможности максимально собрать цитаты, подтверждающие это.

Итак, вот сам «аттестат»:

Я перечислил в уме все области знаний, в которых он проявил отличную осведомленность. Я даже взял карандаш и записал все это на бумаге. Перечитав список, я не мог удержаться от улыбки. "Аттестат" выглядел так:
ШЕРЛОК ХОЛМС – ЕГО ВОЗМОЖНОСТИ
1. Знания в области литературы – никаких.
2. --//-- --//-- философии – никаких.
3. --//-- --//-- астрономии – никаких.
4. --//-- --//-- политики – слабые.
5. --//-- --//-- ботаники – неравномерные. Знает свойства белладонны, опиума и ядов вообще. Не имеет понятия о садоводстве.
6. --//-- --//-- геологии – практические, но ограниченные. С первого взгляда определяет образцы различных почв. После прогулок показывает мне брызги грязи на брюках и по их цвету и консистенции определяет, из какой она части Лондона.
7. --//-- --//-- химии – глубокие.
8. --//-- --//-- анатомии – точные, но бессистемные.
9. --//-- --//-- уголовной хроники – огромные. Знает, кажется, все подробности каждого преступления, совершенного в девятнадцатом веке.
10. Хорошо играет на скрипке.
11. Отлично фехтует на шпагах и эспадронах, прекрасный боксер.
12. Основательные практические знания английских законов.
(«Этюд в багровых тонах»)


Обратим внимание, что Конан Дойль в последующих произведениях о Шерлоке Холмсе не пытается «замять под сукно» эпизод с этим разговором про «мозговой чердак», он как минимум два раза вспоминает о нём. Вот первый:

– Истинный мыслитель, – заметил он, увидев один-единственный факт во всей полноте, может вывести из него не только всю цепь событий, приведших к нему, но и так же и все последствия, вытекающие из него. Как Кювье мог правильно описать целое животное на основании одной кости, так и наблюдатель, основательно изучивший одно звено в серии событий, должен быть в состоянии точно установить все остальные звенья – и предшествующие, и последующие. Но чтобы довести искусство мышления до высшей точки, необходимо, чтобы мыслитель мог использовать все установленные факты, а для этого ему нужны самые обширные познания. Если мне не изменяет память, вы в ранние дни нашей дружбы очень точно определили границы моих знаний.
– Да, – ответил я, смеясь, – это был необыкновенный документ. Я помню, что философия, астрономия и политика стояли под знаком нуля. Познания в ботанике – колеблющиеся, в геологии – глубокие, поскольку дело касается пятен грязи из любого района в пределах пятидесяти миль вокруг Лондона; в химии – эксцентрические; в анатомии – разрозненные; в области уголовной литературы и судебных отчётов – исключительные. При этом скрипач, боксёр, владеет шпагой, юрист, отравляет себя кокаином и табаком. Таковы были главнейшие пункты моего анализа.
Холмс усмехнулся при последних словах.
– Что ж, я говорю сейчас, как говорил и тогда, что человек должен обставить чердачок своего мозга всем, что ему, вероятно, понадобится, а остальные знания он должен сложить в чулан при своей библиотеке, откуда может достать их в случае надобности. Для такого дела, какое было предложено нам сегодня вечером, мы, конечно, должны мобилизовать все доступные нам ресурсы. Дайте мне, пожалуйста, том на букву «К» из Американкой энциклопедии.
(«Пять апельсиновых зёрнышек»)


Я нарочно привёл столь пространную цитату – чтобы показать её некоторую парадоксальность. Действительно ли осведомлённость о методах, введённых в палеонтологию Жоржем Кювье, важнее для работы детектива, чем знание о системе Коперника, от которой Холмс так старательно открещивался? Кстати, интерес к теоретической биологии Холмс демонстрирует ещё в нескольких местах, например, вот:
Читать дальше )
g_ryurikov: (Default)


«Рождение науки» Г. Ю. Любарского – очень интересная книга. По-настоящему интересная, если дать себе труд задуматься как минимум о самой возможности тех вопросов, которые ставит автор. Нет, это не научпоп. Это источник очень интересных идей для людей, которые обнаружат желание и возможность проследовать за автором по пути поиска оснований для некоторых вещей, считающихся само собой разумеющимися, и таким образом выйти за какие-то привычные рамки.

Я не буду подробно анализировать содержание, хочу просто сказать спасибо автору, который такие вещи пишет, и издательству, которое их публикует.

Ну и об одной только выскажусь мысли (возможно, для кого-то тривиальной), которая ко мне пришла благодаря этой книге: я осознал, что русское слово «определение» – не просто смысловой перевод, а именно калька с латинского «definitia», и что это один из как минимум двух больших способов обозначать понятия.

Тираж 600 экз., так что если кому интересно, советую не тормозить.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Прочитал «Введение в поведение» Б. Б. Жукова [livejournal.com profile] bbzhukov и, во-первых, хочу сказать большое спасибо автору за отличную книгу! Лично для меня, хоть и фигового, но всё-таки профессионального «поведенца», книга оказалась очень интересной. Я не просто узнал какие-то новые исторические факты, я действительно кое-что понял для себя про науку о поведении, о чём раньше особенно не задумывался. Автор действительно сложил «пазл», показав всё богатство и нищету существующих подходов к изучению поведения, показав и преимущества каждого из них, и ограничения.

Заметно, что книга написана взрослым человеком для взрослых людей. В ней нет полемического задора, присущего некоторым молодым популяризатором. Язык, которым она написана, очень спокойный, в общем-то неторопливый, и дружелюбный – не только по отношению к читателям (без чего научно-популярная книга вообще, наверное, не может оказаться сколько-нибудь удачной), но и ко всем её персонажам, в том числе и тем, чьи взгляды и подходы автор критикует. Так же и читатель для этой книги должен быть в идеале умудрённый, любящий объективность, не склонный к крайностям. Но специального образования от него не требуется. Снимаю шляпу перед Борисом Борисовичем, сумевшим написать книгу, которая может быть одинаково интересна и специалистам, и людям, образование которых лежит в сколь угодно далёкой от обсуждаемой темы области. Написано действительно очень доступно и читается действительно очень легко.

Теперь о недостатках. Точнее, вряд ли это можно назвать настоящим недостатком, но, если можно так выразиться, доступность объяснения не везде поспевает за доступностью изложения. Автор кристально ясно излагает как взгляды классиков науки о поведении, так и их взаимную критику, но местами становится несколько менее убедительным, переходя к критике от первого лица. Например, рассуждения о соотношении «между причиной и влиянием» в шестой главе, завершающиеся выводом об однозначном примате «внутренних» факторов над «внешними», оставили у меня чувство лёгкого недоумения. Обсуждение теории полового отбора в главе 7 – тоже не слишком убедительны. Не понял я также, почему стратегии поведения животных, предсказываемые социобиологией, обязательно должны быть сознательными; на мой взгляд, это совсем не необходимо. В послесловии обсуждение соотношения запоминания и забывания тоже показалось мне спорным.

Впрочем, представить себе книгу (особенно с такой темой), к которой я не мог бы таким образом придираться, я просто не могу. Есть и другие, и в том числе очень неплохие популярные книги про поведение, но в подавляющем большинстве случаев авторам не удаётся избежать в них тенденциозной отсебятины. И пока только Б. Б. Жукову удалось написать книгу с таким высоким уровнем объективности. Могу сказать, что это, пожалуй, лучшая книга в данном жанре по этой теме из всех, что мне известны.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Прочитал «Бесконечное число самых прекрасных форм» Шона Кэрролла (не путать с космологом Шоном Кэрроллом). Книга занимает очень важную нишу – просто «про эволюцию» популярной литературы вагон, а именно про эво-дево – нет совсем. Как именно наличие тех или иных последовательностей ДНК приводит к той или иной форме? Нужен ли для другой формы совсем другой набор генов, или можно обойтись теми же? Автор сделал, кажется, всё возможное, чтобы эту довольно сложную тему преподнести в понимаемом для неспециалистов виде. Он разработал собственную популярную терминологию (где «география» означает «топография», а «север-юг» – «дорсально-вентральный»), которая имеет свои недостатки, но позволяет избежать сложных терминов. Он постоянно использует эмоционально окрашенные эпитеты (удивительный, вдохновляющий, поразительный, чудовищный, фантастический, невероятный), наполняющие книгу викторианским пафосом дарвиновской цитаты, которая взята в качестве заголовка. Описание новейших достижений молекулярной генетики и биологии развития в сочетании с этим викторианским пафосом заставляют действительно проникнуться возможностями современной науки.

Глава про человека, на мой взгляд, лишняя, там много общих мест про антропогенез, и мало собственно эво-дево. Чувствуется, что она тут «для галочки».

В качестве спойлера могу сообщить, что в книге обсуждается в том числе такой актуальный и животрепещущий вопрос, как «Является ли зебра чёрной в белую полоску, или белой в чёрную»? Однозначного ответа, правда, нет, но зато объясняется, какая «кисть» эти полоски рисует.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Книга Виктора Зуева – не популярный обзор хрестоматийной информации про вирусы; она, по большому счёту, посвящена довольно специфической теме – так называемым медленным инфекциям. Так именуется явление, когда вирус, вместо того, чтобы проявлять себя классическими симптомами вскоре после заражения, сохраняется в организме неопределённо долгое время, после чего даёт неожиданную и подчас странную форму заболевания. Очень интересно, что форма болезни определяется не типом вируса, а типом его взаимодействия с организмом: автор рассказывает, что медленные инфекции могут быть связаны с хорошо известными, «привычными» нам вирусами (например, вирус кори, вирус простого герпеса etc.). Значительный кусок книги посвящён прионным заболеваниям.

Хорошо заметно, что это популяризация «из первых рук», не прошедшая через руки журналистов. И дело не только в том, что автор во многом рассказывает о своих собственных исследованиях. Присутствует ещё трудноуловимая, но важная черта истинной науки: своего рода незавершённость. Многие главы заканчиваются как бы «на самом интересном месте». В этом детективе есть увлекательное расследование, но нет однозначной развязки. Кроме того, некоторые пассажи заводят в тупик... Всё это, (вместе с насыщенностью конкретикой) создаёт ощущение сопричастности описываемым исследованиям. Я почти почувствовал себя вирусологом.

Книга написана простым, но изящным русским языком. Стиль очень, если можно так выразиться, интеллигентский; наверное, именно так и должен писать «настоящий профессор». Когда перед автором встаёт необходимость изложить какую-то базовую информацию, он не просто сообщает, а «напоминает» об этом, прямо как Теодор Стефанидес, который, по описанию Дж. Даррелла, «сообщал эти сведения особым способом, будто не преподносил вам нечто новое, а скорее напоминал о том, что вы уже знали, но почему-то не могли припомнить».

Впрочем, напоминания напоминаниями, а за ходом мысли читателю придётся следить и кое-где подключать мозг. Информация разжёвывается, но глотать всё же нужно самостоятельно. Книга интересная – для интересующихся.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Книжка очень маленькая, фактически, это небольшое эссе, изданное в виде книжки. И это её большое достоинство – у меня нет ощущения, что увеличение объёма пошло бы ей на пользу. Такой, в общем, популярный обзорчик, опирающийся на ряд конкретных примеров с «историями». А вот общих вещей – про то, что такое вообще вирусы, как они размножаются, что там происходит на субклеточном уровне – на мой взгляд, не хватает. Всё больше про врачей, про пациентов, симптомы...

Стиль довольно небрежный. «Естественный отбор вырабатывает у него мутации» и всякое такое – не очень хорошо. Плюс помножим это на небрежный перевод. «Изолировть генетический материал» вместо «выделить»... «Эволюция сделала некоторые вирусы более подверженными формированию раковых клеток», или вот «Несмотря на наличие различных вакцин, антивирусных препаратов, стратегий общественного здоровья, вирусам до сих пор удаётся уйти от их уничтожения». Что то вроде «Все на борьбу с врагами мирового империализма»... Какие-то «свободно живущие вирусы» упоминаются (причём в одном месте «свободно живущие», в другом – «свободноживущие»), хотя по контексту можно догадаться, что имеется в виду, но это ж надо чего-то там понимать, соображать...

Но так вообще ничего, это всё придирки. Для неспециалистов почитать на тему «что мы знаем про вирусы» вполне сойдёт.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)
К. Циммер, «Эволюция: триумф идеи»:

"В частности, Космидес провела классический психологический эксперимент по логике, известный как тест Вейсона, с собственными дополнениями. Представьте, что перед вами раскладывают четыре карточки, на которых написано Z, 3, E и 4. Вам говорят, что на оборотной стороне карточек тоже что-то написано и что существует общее правило, по которому гласной букве на лицевой стороне всегда соответствует четное число на обороте. Какую карту или какие карты вам нужно перевернуть, чтобы проверить, выполняется ли здесь это правило?

Правильный ответ состоит в том, что перевернуть надо карточки Е и 3. (Карточку 4 проверять не обязательно, поскольку даже если на обороте у нее обнаружится согласная буква, правило при этом не будет нарушено.) Как правило, люди очень плохо выполняют тест Вейсона. Но Космидес показала, что, если перевести условие задачи в социальные термины, доля правильных ответов резко повышается. Представим, к примеру, что перед вами выкладывают четыре карточки с надписями «18», «лимонад», «25», «пиво» и объясняют, что на одной стороне карточек обозначен возраст людей в баре, а на другой – напитки, которые они пьют. Какие карточки нужно перевернуть, чтобы определить, не нарушает ли кто-нибудь закон, запрещающий употреблять алкогольные напитки до 21 года?

Правильный ответ: перевернуть надо карточки «18» и «пиво». Его дает почти каждый, кто проходит тест в таком варианте, хотя логика в его основе лежит точно такая же, как и в классическом тесте Вейсона. Космидес и Туби утверждают, что мы так хорошо справляемся с этой формой теста потому, что приспособлены к отслеживанию всевозможных социальных сложностей. У наших предков в процессе эволюции появился модуль для распознавания обманщиков, потому что в группе охотников-собирателей, где мясо, орудия и другие ценные вещи должны делиться на всех, люди выиграют, если вовремя заметят, что кто-то в группе пытается поживиться за счет остальных."


Мне при первом прочтении показалось, что вывод, вероятно, здесь верен, а вот аргументация хромает. Различия между этими двумя вариантами теста могут объясняться не только тем, что во втором случае задача «перенесена в социальные условия».

Вообще тест в своём изначальном варианте выявляет известное когнитивное искажение, обычно называемое «предвзятость подтверждения». Оно заключается в том, что мы склонны в большей степени обращаться к фактам, которые подтверждают нашу гипотезу, нежели к тем, которые опровергают. И здесь мой глаз сразу зацепился, что в первом тесте предлагают проверить, «выполняется ли здесь это правило», а во втором, «не нарушает ли кто-нибудь закон». Мне это настолько не понравилось, что я полез искать оригинальную статью (ссылка). И обнаружил, что там всё порядке. В первом случае просят «Indicate only those card(s) you definitely need to turn over to see if the documents of any of these people violate this rule». Во втором – «Indicate only those card(s) you definitely need to turn over to see if any of these people are breaking this law».
g_ryurikov: (Default)


Мне очень хвалили эту книгу – уже после того, как я её прочитал. И я внезапно понял, что почти ничего из неё не помню. Сейчас взял её и перечитал. Да, книга действительно очень хорошая. Её автор – прекрасный профессионал в области научпопа, и он не мог себе позволить написать плохую книгу. Он, например, успешно пользуется правилом, гласящим, что хороший способ сделать нон-фикшн-книгу увлекательной – это ввести в повествование фабулу. В первой части в этом качестве выступает некое изложение истории эволюционной биологии, причём львиную долю занимают подробности биографии и работы Дарвина. Вторая часть – своего рода «избранные главы» из истории жизни на Земле. В третьей и четвёртой части общей фабулы нет, но автор продолжает «рассказывать истории», излагая фактический материал в виде эпизодов с подробностями, придающими рассказу живость. Третья часть посвящена нескольким специальным разделам эволюционной биологии (коэволюции, «гонке вооружений» с паразитами и эволюции пола). Четвёртая часть посвящена эволюции человека. В последней главе обсуждается проблема взаимоотношений эволюционной биологии и религии, – про креационизм и «обезьяньи процессы».

Книга начинается и заканчивается именем Чарльза Дарвина. Кроме того, образ Дарвина встаёт перед нами то тут, то там на протяжении всей книги. Именно через призму наблюдений, рассуждений, сомнений и предсказаний Дарвина Циммер раскрывает перед нами картину того, что есть эволюционная биология. План, в общем-то, беспроигрышный, и автор удачно ему следует. Единственное – план не слишком оригинальный. Научно-популярных книг в формате «вообще про эволюцию» довольно много. Хотя бы Докинз. Наполнить книгу личностью Дарвина – отличная идея, но недостаточная, чтобы сделать книгу по-настоящему запоминающейся. Мне было скучновато. Хотя, разумеется, это впечатление человека, в некотором роде пресыщенного подобными вещами; для людей, ничего или почти ничего не читавших на эту тему, эта книга будет незаменимой вещью.

По переводу есть шероховатости, но не критичные.

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)


Да, кстати. Эта книга в моём рейтинге научпопа – один из несомненных хитов. Она сочетает в себе увлекательность, информативность, связность и, как бы это назвать – преисполненность смысла. Паразитизм – явление, значение и многогранность которого в природе мы часто сильно недооцениваем, и книга Карла Циммера как раз для того, чтобы восполнить этот пробел в вашей голове.

Он там немножко спорит с воздухом, пытаясь критиковать идею «дегенерации паразитов», но очень органично. :)

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



[1], [2], [3].

Время от времени вспыхивают дискуссии на занимательную тему – являются ли вирусы «живыми». ... Неудачным последствием отрицания статуса «живых» за вирусами будет то, что тогда вирусы не будут иметь очевидного отношения к эволюции клеточных форм жизни. В этой и следующей главах мы увидим, что это противоречило бы действительности”. (с. 335).

Кунин не уклоняется от холивара «вирусы живые или нет» и чётко обозначает свою позицию: он в числе тех, кто считает, что вирусы живые. И что они могут быть включены в общую классификацию форм жизни: “С этой точки зрения наибольший смысл имеет разделение всех известных форм жизни на две «империи»: вирусов и клеточных форм (Koonin, 2010d). Эти две империи сильно отличаются друг от друга, но постоянно обмениваются генами”. (с. 461).

Такой подход, прежде всего, требует определения «форм жизни», и Кунин не уклоняется и от этого: “...любой стабильный во времени репликатор является формой жизни”. (c. 395). Определение это будет понятным, только если разъяснить, что здесь понимать под «стабильностью во времени». Есть и про это: “Во-первых, рассматривая три сценария происхождения вирусов, мы говорим о вирусах (или вирусных геномах) как о «независимо эволюционирующих генетических элементах». Много, и, в некоторых вирусах, возможно, большинство, вирусных генов может быть клеточного происхождения (см. рис. 10-2), но вирусы как (квази)автономные сущности, по-видимому, не имеют клеточных корней”. (с. 358). Что значит «не имеют клеточных корней» (если учесть, что всякая вирусная частица собрана так или иначе в клетке), мне не совсем понятно. Тут ещё хочу вспомнить, что термин «репликатор» использовал Докинз, и, если понимать этот термин хоть сколько-то близко к тому, что имел в виду он, то окажется, что это даже не отдельный ген, а что-то ещё меньшее. Неужели это и есть по Кунину «формы жизни»? Непохоже, чтобы так: “Все существующие формы жизни размножаются как клетки или внутри клеток”. (с. 390). То есть понятие «формы жизни» применяется к системам разных уровней, что, на мой взгляд, как-то не комильфо.

Впрочем, как выглядит по Кунину определение того, что такое вирусы? Вот оно: “Здесь мы определим вирусы следующим, очень общим образом: «облигатные внутриклеточные паразиты или симбионты, обладающие собственными геномами, кодирующими информацию, необходимую для вирусной репродукции (отсюда некоторая степень автономии от генетических систем хозяина), но не кодирующими всю систему трансляции и мембранного аппарата». Это определение подойдет ко всякому «по-настоящему» эгоистичному генетическому элементу. Ключевая фраза тут «кодирующие информацию, необходимую для вирусной репродукции, а, следовательно, обладающие некоторой степенью автономии от генетических систем хозяина». Таким образом, обычные гены и опероны под это определение не подойдут, даже если обладают некоторыми эгоистическими чертами, потому что не кодируют никаких специальных приспособлений для самовоспроизведения. Таким образом, это определение охватывает все обширное множество биологических объектов, кодирующих «нечто», необходимое для самовоспроизведения, но не систему трансляции и мембраны”. (с. 334).

Это для меня, что называется, «всё чудесатее и чудесатее». «Обычные гены» под это определение не подойдут, но под него не подойдут и обычные вирусные гены, если брать их по отдельности. Если же мы говорим о неких совокупностях, то «обычные гены», разумеется, кодируют «специальное приспособление для самовоспроизведения» – оно называется «организм». С другой стороны, всякий ген, участвующий в естественном отборе, кодирует «нечто», необходимое для самовоспроизведения, но не всю систему в целом.
g_ryurikov: (Default)



Прочитал «розовую Казанцеву», – книгу в оригинальном формате «взвешенные аргументированные комментарии на тему популярных холиваров» (это не совсем то же самое, что «разоблачение мифов», хоть и нечто близкое по сути).

Ася в предисловии сама предупреждает, что «книжка получилась неоднородная: первые главы... – более занудные и насыщенные информацией; последние главы... – более легкомысленные и содержат больше авторских оценочных суждений...». Так вот, неоднородность я подтверждаю. Занудность – ни в коем случае; как раз первые главы читаются как увлекательный детектив именно благодаря чёткости и насыщенности конкретикой. За одно только изложение на четырёх страницах принципов работы нашей иммунной системы автору надо ставить памятник – это самый замечательный в своей доходчивости текст по иммунологии, который я когда-либо видел.

Второй раздел – всё вещи столь же определённые, но менее оригинальные. Чувствуется, что собственных заготовок у автора здесь не так много, а повторять уже кем-то написанное ей не особо хочется. Здесь довольно много фраз типа «а вообще об этом лучше почитать у Маркова, у Панчина, у Соколова...

Третий, «легкомысленный» раздел – главы, оставляющие лёгкое чувство какой-то запутанности и недосказанности. Наверное, просто темы выбраны такие, что иначе и быть не может. Но по контрасту с первой частью они вызывают некоторую обескураженность, так уж получается. Странно расставлены акценты – например, в главе про «натуральные продукты» почти половина почему-то посвящена глобальному потеплению, а половина – витаминам.

Заканчивается книжка тем же, с чего начинается, – призывом критически воспринимать любую информацию. Здесь ключ к правильному пониманию книги – в ней надо искать не ответы, а алгоритмы решения. И это, на мой взгляд, очень правильный посыл.

В общем, читайте, пока есть в продаже, а то, говорят, её очень хорошо разбирают. :)

Список научпопа
g_ryurikov: (Default)



Продолжаем разговор. [1], [2].

Некоторое недоумение у меня вызвали рассуждения об эволюции сложности и связанных с ней вещах. Во-первых, критика идеи о том, что «сложное = приспособленное»:

Один из ответов, казалось бы, самоочевидный и принимавшийся биологами и всеми интересующимися эволюцией, состоит в том, что более сложные организмы являются также более приспособленными. Эта точка зрения, несомненно, ошибочна”. (с. 463). А кто-то сейчас всерьёз придерживается такой точки зрения? Утверждение её ошибочности, ну, мягко говоря, не выглядит новаторским.

Идея «прогресса» может считаться полностью дискредитированной в узком, антропоморфном смысле слова, но увеличение сложности по-прежнему широко воспринимается как особенность «развитых» форм жизни и основная эволюционная тенденция. Противоположная точка зрения, представленная, вероятно наиболее ярко, Гулдом в нескольких книгах, ассоциирует эволюционный успех группы исключительно с ее распространенностью в биосфере и способностью процветать в различных нишах” (с. 288). Это всё здорово, но я могу назвать работу, которой, кажется, скоро будет сто лет, где эта концепция излагается. Гулд тогда ещё не родился. Причём в нашей стране эта концепция излагается даже в школьных учебниках.

И о соотношении сложности и «энтропийности»:

Действительно, хотя геномы многоклеточных эукариот могут быть более сложными, чем у прокариот и даже одноклеточных эукариот, но в то же время эти сложные геномы чудовищно неупорядоченны и заполнены мобильными элементами и прочим мусором; они представляют собой состояния высокой энтропии, как подчеркивается оценками в этой главе. Концептуальный взгляд на этот парадокс сравнительной геномики привел к неадаптивной теории эволюции генома...
...
Как это ни парадоксально, увеличение энтропии генома, являющееся необходимым условием для последующего усложнения...
” (с. 286).

Я один не усматриваю здесь никакого парадокса? Например, у меня на жёстком диске довольно много «неупорядоченных элементов и просто мусора», гораздо больше, чем было, когда я только начинал пользоваться компьютером и система каталогов и подкаталогов для хранения информации у меня была гораздо проще, чем сейчас. Мне кажется, что таких элементов неизбежно будет много в любой по-настоящему сложной реальной системе. Мегаполис сложнее, чем такая же по площади местность, покрытая ровным слоем бетона. Где больше мусора?

По-моему, «энтропийность» и сложность совсем не противоречат друг другу; хотя бы потому, что, очевидно, «энтропийность» не тождественна простоте.
g_ryurikov: (Default)



Разговор об эволюции генов начинается с того же самого утверждения, что и разговор об эволюции видов – виды происходят от других видов, а гены происходят от других генов. «Деревья» генов строятся на тех же (в общих чертах) основаниях, что и «деревья» видов; и важный, но, возможно, несколько неутешительный вывод заключается в том, что они плохо соответствуют друг другу (я писал об этом в прошлом посте).

В отличие от видов, которые просто дивергируют, гены могут расходиться разными способами – следовать за размножением организмов (ортологи), уходить в другую аллельную группу (паралоги) и передаваться другим организмам (ксенологи). Эти варианты трактуются как разновидности гомологии, что само по себе уже порождает затруднение. Понятие гомологии в данном случае явно не аналогично ни одному из многочисленных определений гомологии для морфологических структур. Дерево описывает степень родства, и мы говорим, например, что леопард и тигр более родственны между собой, чем с медведем, но мы не говорим, что они «гомологичны».

В этой связи проблематичным становится определение «возраста генов», которым пользуется Кунин. Если мы имеем дерево генов, то никакого «рождения генов» на нём не происходит (считать таковым каждую точку дивергенции невозможно, так как это каждая репликация). Кунин даёт такое определение: “«Эволюционный возраст» соответствует самому старому таксономическому узлу, в котором могут быть определены гомологи для белка, производимого данным геном.” (с. 74). «Могут быть определены» – не слишком ли субъективное определение возраста, ведь оно фактически завязано на ограничения метода, которым мы пользуемся?

Читаем далее: “Один из выводов состоит в том, что характерная продолжительность жизни животного гена в этих линиях охватывает по меньшей мере сотни миллионов лет.” (с. 86). Откуда же ген берётся и куда он девается потом? И сразу парадоксальный ответ на этот вопрос: “Несмотря на частую потерю в отдельных эволюционных линиях, гены характеризуются чрезвычайной долговечностью, и многие из них, возможно, бессмертны.” (там же). Итак, ген может «потеряться» (видимо, это и есть «смерть гена»), но он должен «потеряться» со всеми своими гомологами. Я могу представить себе вымирание семейства или отряда, но вымирание «всех родственников» – непонятно что, так как не определена степень родства. Может быть, нужна иерархическая таксономия для генов вместо субъективного различения «гомологи / не гомологи»?
g_ryurikov: (Default)



Хотел написать серьёзный текст про книгу Кунина, но, видимо, мне это не по зубам. Ограничусь отдельными соображениями. Соображение первое. Кунин много пишет о «падении филогенетического древа».

«Таким образом, идеальное ДЖ оказалось химерой, поскольку широко распространенный ГПГ приводит к тому, что древо любого отдельного гена не является точным отображением эволюции целых геномов. Осознание того, что ГПГ среди прокариот является доминирующей формой эволюции, а не редким процессом, привело к идее «выкорчевывания» ДЖ» (с. 176).

Под «древом жизни» понимается древо предков и потомков. Читаем на с. 174: «Концепция древа жизни (ДЖ) в ее современном значении была впервые представлена Дарвином в его записных книжках еще в 1838 году. ... Тем не менее именно Дарвину принадлежит плодотворная идея о том, что различные виды связаны между собой древом, причем листья соответствуют существующим в настоящее время видам, а внутренние вершины – вымершим, предковым формам». Итак, речь идёт именно о предках и потомках, а не просто о «донорах генов».

По-моему, даже при очень большой горизонтальной компоненте, «путающей карты», говорить об отсутствии «древовидной компоненты» нельзя. Так как «вертикально» всегда что-то передаётся, это и есть «древовидная компонента». И если методы, которыми работает Кунин, не позволяют её с достаточной уверенностью выделить, то это не означает, что её нет. Она объективно есть.

Проблема тут, на мой взгляд, исключительно в нетождественности «деревьев генов» и «деревьев организмов». Если нас интересует эволюция генов, то сама постановка вопроса о «падении филогенетического древа» оказывается ложной, так как у генов есть единственный способ передачи наследственной информации – репликация. Различие между ортологами, паралогами, и ксенологами появляется лишь тогда, когда мы начинаем говорить об организмах.

Если же нас интересует эволюция организмов, то дерево здесь традиционно описывает происхождение организмов, – то есть вертикальную компоненту. «Я произошёл от...» подразумевает цепочку поколений, появляющихся путём размножения организмов. В этом смысле я произошёл от своего прадедушки (и получил от него какие-то гены), я произошёл от своего очень далёкого пра-пра…прадедушки (хотя, возможно, не унаследовал от него ни единого нуклеотида), но я не произошёл от случайного прохожего (от которого мне, возможно, достались некоторые вирусные последовательности).

Всё это указывает скорее не на «падение филогенетического древа», а на то, что метод анализа геномов просто-напросто не подходит для изучения филогении на уровне организмов или выше (точнее, конечно, не «не подходит», а имеет существенные ограничения). Древовидная компонента в филогении существует просто по определению, – но гены действительно далеко не всегда передаются в соответствии с ней.

July 2017

S M T W T F S
      1
2345 678
9 1011 12 1314 15
1617 1819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 27th, 2017 08:38 am
Powered by Dreamwidth Studios